除了常用的甲醇和乙腈外，偶爾還會用到異丙醇/乙醇/叔丁醇、四氫呋喃。這些反相不常用的溶劑通常與甲醇或者乙腈混合使用，添加比例在20%左右。由于醇類結構隨著C含量增多，粘度會越來越大，因此當使用較高比例時應特別注意流速不能過大，否則可能會超過色譜柱耐壓而導致柱子損壞；四氫呋喃由于易被氧化通常含有抗氧化劑BHT（2,6-二叔丁基對甲酚），含有BHT的四氫呋喃截止波長約為260 nm，因此當使用低波長條件而且必須使用四氫呋喃時，則必須選擇不含有BHT的四氫呋喃，且最好現開瓶現用，否則放置過久的四氫呋喃形成過氧化物可能會造成某些化合物降解且基線亦會漂移，另外四氫呋喃對于peek材質有一定的溶脹作用，流動相中含有四氫呋喃時應避免使用peek管路及peek接頭。

那么，什么時候會用到這類特殊的有機相呢？在甲醇與乙腈以及混合的流動相嘗試過后還無法分離的雜質，可以嘗試這類特殊的有機相，特別是對于非對映異構體、位置取代異構體等等常規反相較難分離的結構，可能會取得意想不到的效果。

有機相的種類相對簡單，緩沖鹽的選擇則五花八門。總體來說，常見的類型有：磷酸鹽、乙酸鹽/甲酸鹽、碳酸鹽，傳統的離子對試劑：烷基磺酸鈉、四丁基銨鹽，如今比較“流行"的離液劑：六氟磷酸鹽、高氯酸鹽、硫酸鹽以及曾經流行的氯化鹽等。